Em 2000, a EMEF foi certificada segundo a norma NP EN ISO 9002:1995. A auditoria de certificação decorreu em vários estabelecimentos da empresa e, face ao sucesso da mesma, foi emitido o Certificado de Conformidade com essa norma, pela entidade certificadora APCER.
Em 2008, foi renovada a certificação do Sistema de Gestão da Qualidade da EMEF através da realização de auditoria de renovação, que teve como referência a norma NP EN ISO 9001:2008.
